As zonas húmidas são determinantes para a relevância do mosaico de habitats da Paisagem Protegida e para a sua biodiversidade. Compreendem, de um modo geral, áreas de sapal, paul, turfeira ou água doce e salobra, e ainda toda a área coberta pela água do mar cuja profundidade na maré baixa não exceda 6 metros.

Estas zonas inundadas ou inundáveis são dos ecossistemas mais produtivos e com maior variedade biológica, como se pode verificar nos charcos temporários e no estuário da ribeira de Silvares

Constituem habitats fundamentais para a conservação de espécies ameaçadas, servindo igualmente de abrigos e pontos de alimentação para aves migradoras e outras espécies, em particular na reprodução. São também locais de desova, crescimento e alimentação de muitas espécies de peixes e anfíbios.

Podem abranger também as zonas ribeirinhas ou costeiras adjacentes, assim como ilhéus ou massas de água do mar com uma profundidade superior a 6 metros em maré baixa, integradas dentro dos limites da zona húmida em causa.

Funcionam paralelamente como reservatórios de água, absorvendo e retendo a água da chuva, e como depuradoras. Purificam a água, captando poluidores que acabam por tornar inofensivos, e alimentam os aquíferos subterrâneos.

A sua contribuição para amenizar o clima, através do aumento da humidade atmosférica, é do mesmo modo importante. Por outro lado, são uma boa proteção contra tempestades, já que a vegetação que nelas habita reduz a ação do vento, ondas e correntes. Contrariam ainda o efeito de estufa, retendo o dióxido de carbono.