A originalidade do conjunto florístico da Naturconde resulta da sua localização biogeográfica peculiar no Litoral Norte de Portugal. O seu cordão dunar integra a área costeira mais bem preservada e com maior continuidade de biótopos representativos desta zona do país, entre a Barrinha de Esmoriz e o litoral de Esposende.

Os troços compreendidos entre os núcleos urbanos de Areia (freguesia de Árvore) e da Ponta da Gafa (freguesia de Mindelo) e o troço situado a norte do promontório de São Paio (freguesia de Labruge) são particularmente relevantes.

A ocorrência de diversas espécies endémicas do Noroeste Ibérico, incluindo dois endemismos lusitanos, a Coincya johnstonii e a Jasione maritima var. sabularia (= J. lusitania), valoriza ainda mais o conjunto.

Coincya johnstonii

Jasione maritima var. sabularia

A primeira, mais rara, é exclusiva da costa litoral da Área Metropolitana do Porto, sendo apenas conhecidas populações pontuais entre Aguçadoura (concelho de Póvoa de Varzim) e Aguda (concelho de Vila Nova de Gaia), não se encontrando representada no interior de áreas com estatuto de proteção para além da Naturconde.

A segunda é exclusiva das dunas lusas a norte de Aveiro, encontrando-se representada na área de paisagem protegida do Litoral de Esposende e no Sítio da Rede Natura 2000 Litoral Norte.

Encontram-se identificados 451 táxones de plantas vasculares no território. Outras espécies importantes na área são a violeta endémica Viola henriquesii e a orquídea Spiranthes aestivalis.